Grippe mexicaine : le diagnostic virologique se met en place.

C'est fait : le virus émergent a ses papiers à jour, il est appelé A/H1N1/California/04/2009.

Pourquoi California ? C'est probablement dans cet état américain que le virus a été isolé selon les techniques standards. Dans la foulée, l'Institut de veille sanitaire a mis à jour la définition d'un cas de grippe mexicaine (Doc 1) ainsi que la conduite à tenir en cas de suspicion (Doc 2).

Les épidémiologistes distinguent le cas probable du cas possible selon des critères précis qui sont détaillés dans les documents pointés ci-dessus. Ce qui retient notre attention, à nous autres biologistes, c'est qu'un cas probable devient un cas possible ou l'est d'emblée si la PCR grippe A sur un écouvillon naso-pharyngé est positive.

L'exploration virologique d'un cas probable est expliquée dans le Doc 2 : les écouvillons doivent être envoyés sous triple emballage au laboratoire de virologie disposant d'un P3 le plus proche. Une vingtaine de laboratoires (tous CHU ou Institut Pasteur) sont habilités à recevoir ces prélèvement, leur liste est indiquée en annexe du Doc 2. Ces laboratoires recoivent les échantillons 24h/24 et 7j/7 et sur demande de l'InVS, peuvent réaliser une analyse la nuit.

Comme je l'avais signalé dans mon billet précédent, la spécificité des techniques PCR grippe A commerciales pour le virus émergent n'était pas connue. Les fournisseurs ont donc dû aussi travailler durant les dernières 48h. Ils ont comparé la séquence des primers utilisés et des sondes à celle du virus émergent. Par exemple, un fournisseur affirme que le primer reverse et la sonde "matchent" à 100% avec le virus, le primer forward présente un seul mismatch (1 nucléotide de différent). Sa technique PCR devrait donc fonctionner à peu près correctement : encore qu'il faudrait en être certains ! (c'est le rôle des CNR grippe Paris et Lyon). L'autre question est l'origine de la séquence du virus testée par les fournisseurs : elle a peut-être était fournie par les américains puisque c'est eux qui auraient isolé la première souche H1N1.

Par ailleurs, les virologues estiment qu'il y eu un petit coup de pouce du destin dans cette histoire car l'émergence de H1N1 a eu lieu alors que l'épidémie de grippe "classique" s'est éteinte. Dans le cas contraire et avec les outils actuels, il aurait été très difficile de distinguer les deux souches, retardant ainsi la détection du risque potentiel de pandémie.

Sur un plan biologique les prochaines étapes à franchir seront : d'abord la mise en place d'une méthode de PCR pour détecter le virus, puis d'une méthode de dosage des anticorps anti-H1N1 (ELISA). L'isolement virologique étant en bien entendu en cours. Ces outils seront indispensables pour la mise en place d'un vaccin anti-H1N1.

GdM