Grippe H1N1 : les laboratoires d'analyses doivent anticiper.

Les biologistes libéraux, tout comme les généralistes et les officines sont les piliers de la santé en France puisqu'ils assurent la grande majorité des soins de premiers recours. Ils sont bien sûr concernés par l'épidémie de grippe et réagiront comme ils se doit aux injonctions des autorités sanitaires pour la meilleure prise en charge possible des malades. Ils seront même réquisitionnés par le préfet si nécessaire. D'ailleurs à partir de demain, les généralistes prendront le relais des hôpitaux pour accueillir les personnes présentant un syndrome grippal. Ils les enverront vers les officines avec une ordonnance pour aller chercher si nécessaire le traitement antiviral (remboursé) et les masques chirurgicaux (gratuits). Tout celà est bien explicité sur le site du Ministère de la santé.

Il y a cependant une donnée essentielle à ne pas oublier et que commence à prendre en compte les experts (voir par exemple l'excellent article dans le dernier Lancet Infectious diseases écrit par Cauchemez et al.), c'est que les professionnels de santé, mais surtout leurs enfants, sont tout aussi susceptibles de tomber malades ! Dans la discussion de l'article, les auteurs estiment, qu'au pic de l'épidémie et si les écoles sont fermées comme le prévoit le plan de crise sanitaire, le taux d'absenteisme des professionnels de santé peut atteindre 45% (30% en raison de la fermeture d'école, 10% pour grippe et 5% pour d'autres raisons). Ils tempèrent cette prévision par le fait que ces données sont issues d'études antérieures et qu'il est très difficile de prévoir ce qui va réellement se passer avec le virus H1N1. Peu importe, les experts font leur travail et échafaudent des scénarios.

Une autre donnée a émergé ces jours derniers, c'est la vitesse de propagation du virus. Le Dr Schuschat du CDC a estimé que, contrairement à la grippe saisonnière, la grippe H1N1 pourrait démarrer très vite dès les premiers jours de la rentrée lorsque les enfants se regrouperont. Ce qui finalement laisse moins de temps que prévu pour anticiper.

Ces deux données assimilées, que peut-on envisager pour les laboratoires d'analyses médicales ?

Les équipes techniques et biologiques sont triplement exposées à l'épidémie :

1- elles accueillent le grand public dans des endroits fermés (secrétariats, box de prélèvements...)

2- elles peuvent être exposées par des gestes techniques à une importante charge virale (prélèvements oro-pharyngés)

3- les équipes sont trés féminisées, souvent jeunes et donc avec...des enfants en bas âge et/ou scolarisés

Outre les biologistes eux-mêmes, les personnels les plus exposés au public sont les secrétaires et les préleveur/ses. Les techniciens, s'ils ne prélèvent pas, pourraient être moins exposés. Mais, pour des raisons démographiques, la majorité ont des enfants et c'est par ce biais (contamination, enfants malades ou fermeture des écoles) qu'ils pourraient s'absenter du labo.

Dans le scénario le plus pessimiste, il faut envisager que 50% de l'équipe pourrait être à un moment donné absente. C'est donc sur cette base qu'il faut réfléchir pour que chaque labo puisse continuer à assurer la production d'analyses (prélèvement, analyse, envois...) et notamment les urgences. Une collaboration entre laboratoires du même secteur pourrait être une solution, il faut faire preuve d'imagination. Par contre, une chose semble évidente, les prélèvements à l'extérieur du laboratoire, du fait des déplacements qu'ils induisent, ne devraient pas être possibles pendant l'épidémie.

Avec tout ça, nous allons prendre du retard dans le processus d'accréditation !

GdM

Fl@sh-info H1N1 [071309] : première caractérisation détaillée du virus.

Une équipe japonaise vient de publier sur le site de la revue Nature une étude où il caractérise les propriétés in vivo et in vitro du virus H1N1 de la grippe porcine. Le travail est aussi remarquable qu'il fait froid dans le dos puisque les auteurs finissent leur article par la phrase suivante :

"Collectively, our findings are a reminder that
S-OIVs have not yet garnered a place in history, but may still do so, as
the pandemic caused by these viruses has the potential to produce a
significant impact on human health and the global economy."

Les auteurs expriment ainsi une certaine inquiétude avec la réserve qui sied à une revue scientifique de haut vol (puisque Nature est l'inverse mathématiquement exact d'un tabloïd) .

Les chercheurs ont travaillé sur le tout premier isolat de virus d'origine californienne appelé CA04 et montré qu'il prolifère plus rapidement que les virus conventionnels de la grippe et qu'il provoque une sévère infection pulmonaire chez les souris, les furets et les primates. Cependant, le même isolat prolifère tout aussi bien chez le cochon sans provoquer de signes cliniques, ce qui pourrait expliquer qu'il soit passé inaperçu. Par ailleurs (plutôt de bonnes nouvelles), l'isolat est apparu très sensible in vitro aux anti-viraux disponibles mais aussi, et de cela, nous nous en doutions sans en avoir la certitude, les personnes âgées exposées à la grippe espagnole de 1918 (âgés de plus de 90 ans aujourd'hui !) sont protégés contre le virus H1N1 ! Pourquoi cette dernière information serait plutôt bonne ? C'est une interprétation personnelle en tant que "pastorien" : la présence d'anticorps neutralisants dans les sérums de ces personnes âgées va permettre d'identifier les antigènes viraux qui en sont à l'origine et contribuer à élaborer une stratégie vaccinale encore plus efficace.
La grippe mexicaine 2009 a donc bien comme ancêtre la grippe espagnole de 1918. Sachons tirer des leçons de l'histoire.

GdM

Fl@sh-info grippe H1N1 [070709] : les paradoxes anglais et italiens.

Dans un commentaire récemment publié sur le site du New England journal of Medicine, Khan et al. ont analysé les vols au départ de Mexico entre Mars et Avril 2009 et leurs principales destinations. Sans surprise, les deux premiers pays desservis sont les Etats-unis et le Canada avec près de deux millions de passagers. La troisième destination est européenne avec 47501 voyageurs et devinez laquelle est-ce? La France ! Elle devance l’Espagne avec 42815 arrivées et l’Allemagne avec 33448 voyageurs. L’Italie est 4ème avec 24252 arrivées. Le Royaume-uni arrive en cinquième position en Europe (11ème toutes destinations confondues) avec 17993 voyageurs en provenance de Mexico. Les auteurs proposent que ces informations seront utiles pour prévoir l’évolution de l’épidémie dans les pays destinataires.
Ils n’ont pas tort car leur article éclaire d’une lumière nouvelle le nombre de cas de grippe déclarés à ce jour : la France 371 cas confirmés (source : InVS), l’Espagne 749, l’Allemagne 693, l’Italie 88 et le Royaume uni…7365 (sources : Rhizalabs-Google).
Le paradoxe anglais apparaît assez vite, puisque le pays qui a reçu le moins de voyageurs est celui qui présente le plus de cas. Une hypothèse plausible est celle d’un climat un peu plus froid que le reste de l’Europe facilitant ainsi la circulation du virus. Une autre explication complémentaire est la grande densité de population dans Londres. Le cas de l’Italie est plus frappant car le nombre de cas apparaît très en retrait par rapport à l’exposition “mexicaine” du pays. Les sources n’ont peut-être pas eu accès à des données mises à jour. Les données Allemandes et Espagnoles sont proches. La France, apparaît légèrement en retrait par rapport aux deux pays précédents qui ont un niveau d’exposition similaire, cependant, si on ajoute les 292 cas probables recensés par l’InVS, on arrive à 663 cas, un chiffre proche de celui des deux voisins européens.
Le classement des pays destinataires est donc globalement compatible avec le nombre de cas déclarés à deux exceptions près, anglaise et italienne. Ce sont justement ces exceptions qui rappellent que la santé publique et sa sœur jumelle, l’épidémiologie sont aussi utiles que difficiles !

Fl@sh-info grippe H1N1 [070409] : Des techniciens de laboratoires contaminés.

Le centre hospitalo-universitaire de Dresde a confirmé aujourd'hui que 5 techniciens de son laboratoire d'analyses médicales ont été contaminés par le virus H1N1. Ces techniciens n'ont pas été en contact avec des échantillons viraux ou avec des patients laissant donc supposer une contamination communautaire. Tout le personnel hospitalier va être testé pour le virus a annoncé le porte-parole du centre hospitalier.

Source : http://www.morgenweb.de/nachrichten/newsticker/artikel/newsticker_meldung_20090704t144114.html

Implication en France : En cas de pandémie, la contamination des personnels (et de leurs enfants !) des LABM hospitaliers et privés en France est plus que probable. L'absenteisme risque d'être élevé ce qui peut sérieusement désorganiser la production des analyses médicales. Il serait souhaitable que les institutions professionnelles (Ordres, Syndicats...) proposent les grandes lignes d'un plan de recours pour ne pas laisser les labos (surtout les plus petits) démunis face à ce risque de désorganisation.

GdM

Grippe A(H1N1) et infection par le VIH : une mise au point de l'OMS.

En ce jour férié, tous les services sanitaires sont sur la brèche, de la plus petite DDASS franco-française à la direction générale de l'OMS. Justement, cette vénérable institution vient de publier sur son site une mise au point concernant les risques potentiels de la co-infection grippe A(H1N1) et HIV. Loin d'être alarmiste, cette information est pertinente et rappelle aux professionnels de santé la spécificité de prise en charge de la grippe chez les patients porteurs du VIH.

L'OMS rappelle que les complications et la mortalité de la grippe saisonnière sont plus élevées chez les sujets immunodéprimés (dont les patients porteurs de VIH) que dans la population générale. Ainsi, bien que l'interaction entre les deux infections virales n'ait pas encore été documentée et que le spectre des complications de la grippe A(H1N1) ne soit pas encore complétement connu, l'OMS recommande "que les patients porteurs du VIH soient considérés comme un groupe à haut risque et à ce titre, prioritaire pour les mesures prophylactiques et thérapeutiques contre la grippe A(H1N1)". Dans ce but, l'organisation indique que les souches virales mexicaine et américaines sont sensibles à l'oseltamivir et au zanamivir mais pas à l'amantadine ou à la ramantadine et qu'il n' y a pas à ce jour d'interactions rapportées entre les agents anti-rétroviraux et l'oseltamivir et zanamivir. Les patients porteurs du VIH peuvent donc être traités avec l'oseltamivir ou zanamivir en cas de déclaration de symptômes grippaux ou en prophylaxie après contact avec un cas avéré de grippe.

L'OMS conclut cette mise au point en attirant l'attention des autorités sanitaires sur les besoins spécifiques des patients VIH en particulier dans les les pays à forte prévalence.

En France, le ministère de la santé a mis en place à destination du public un numéro de téléphone spécial grippe : 0825 302 302 ou de l'étranger +33 1 53 56 73 23. Un dossier spécial a également été mis en ligne sur son site internet.

GdM

Grippe mexicaine : le diagnostic virologique se met en place.

C'est fait : le virus émergent a ses papiers à jour, il est appelé A/H1N1/California/04/2009.

Pourquoi California ? C'est probablement dans cet état américain que le virus a été isolé selon les techniques standards. Dans la foulée, l'Institut de veille sanitaire a mis à jour la définition d'un cas de grippe mexicaine (Doc 1) ainsi que la conduite à tenir en cas de suspicion (Doc 2).

Les épidémiologistes distinguent le cas probable du cas possible selon des critères précis qui sont détaillés dans les documents pointés ci-dessus. Ce qui retient notre attention, à nous autres biologistes, c'est qu'un cas probable devient un cas possible ou l'est d'emblée si la PCR grippe A sur un écouvillon naso-pharyngé est positive.

L'exploration virologique d'un cas probable est expliquée dans le Doc 2 : les écouvillons doivent être envoyés sous triple emballage au laboratoire de virologie disposant d'un P3 le plus proche. Une vingtaine de laboratoires (tous CHU ou Institut Pasteur) sont habilités à recevoir ces prélèvement, leur liste est indiquée en annexe du Doc 2. Ces laboratoires recoivent les échantillons 24h/24 et 7j/7 et sur demande de l'InVS, peuvent réaliser une analyse la nuit.

Comme je l'avais signalé dans mon billet précédent, la spécificité des techniques PCR grippe A commerciales pour le virus émergent n'était pas connue. Les fournisseurs ont donc dû aussi travailler durant les dernières 48h. Ils ont comparé la séquence des primers utilisés et des sondes à celle du virus émergent. Par exemple, un fournisseur affirme que le primer reverse et la sonde "matchent" à 100% avec le virus, le primer forward présente un seul mismatch (1 nucléotide de différent). Sa technique PCR devrait donc fonctionner à peu près correctement : encore qu'il faudrait en être certains ! (c'est le rôle des CNR grippe Paris et Lyon). L'autre question est l'origine de la séquence du virus testée par les fournisseurs : elle a peut-être était fournie par les américains puisque c'est eux qui auraient isolé la première souche H1N1.

Par ailleurs, les virologues estiment qu'il y eu un petit coup de pouce du destin dans cette histoire car l'émergence de H1N1 a eu lieu alors que l'épidémie de grippe "classique" s'est éteinte. Dans le cas contraire et avec les outils actuels, il aurait été très difficile de distinguer les deux souches, retardant ainsi la détection du risque potentiel de pandémie.

Sur un plan biologique les prochaines étapes à franchir seront : d'abord la mise en place d'une méthode de PCR pour détecter le virus, puis d'une méthode de dosage des anticorps anti-H1N1 (ELISA). L'isolement virologique étant en bien entendu en cours. Ces outils seront indispensables pour la mise en place d'un vaccin anti-H1N1.

GdM

Grippe porcine : les sources d'informations professionnelles

Les professionnels de la santé en général et les biologistes en particulier sont confrontés à demandes d'informations de la part des patients mais également de leur entourage professionnel et/ou familial. Pour l'instant, il n'y a pas encore de canal d'information unique à destination des praticiens. Les choses se mettent en place progressivement entre les DDASS, préfectures, ministère de la santé, InVS et le centre de référence de Lyon.

L'exploration virologique des patients suspects est réalisée par certains laboratoires spécialisés : il s'agit pour l'instant d'une RT-PCR sur un écouvillonage nasal et/ou de gorge pour définir si le virus influezae est de type A ou B. Il reste le problème de la spécificité de cette méthode à régler : la RT-PCR utilisée en routine n'a pas encore été validée sur le virus H1N1 de la grippe porcine. Il reviendrait au centre national de référence de la grippe de Lyon (ou au CDC d'Atlanta !) d'apporter une réponse à cette question, il se peut même qu'il soit chargé de contrôler les échantillons suspects.

Pour les biologistes qui souhaitent rester informés sur la questions, plusieurs sites institutionnels sont disponibles, ils permettent de suivre l'information mais également d'obtenir des documents de références sur le virus et les procédures mises en place.

- Le Ministère de la santé : rubrique Alertes sanitaires (à gauche, en rouge), il ya également la possibilité de s'abonner à une lettre d'information appelée DGS-Urgent

- L' institut de veille sanitaire : rubriques Actualités,

- L'OMS : pavé Grippe porcine,

- Le Quai d'Orsay : pour les conseils aux voyageurs.

Bien entendu, l'épidémie de grippe porcine s'en donne déja à coeur joie sur internet puisque l'article de Wikipedia est pris d'assaut : si vous voulez assister en direct au développement d'un article de la célèbre encyclopédie, allez-y ! Les blogs et autres articles fleurissent comme coqulicots au printemps, avec plus ou moins de pertinence : s'il y en a un que je vous recommande, ce serait celui de Francis Pisani, toujours très en pointe sur les infinies possibilités du net.

Le téléphone sonne.....

"Non Madame, je n'ai pas de masques, ni de Tamiflu. Non plus, le test dont vous me parlez est utilisé pour les angines, il ne marche pas pour la grippe. Mais je vous en prie. Au revoir, Madame".

Allez, au boulot. Pandémie ou pas, je dois finir de valider et de rédiger la procédure Bioqualité que j'avais promise pour la semaine dernière.

GdM

PS : pour les anglophones, la grippe porcine se dit "swine flu", bon surf !