lundi 28 septembre 2009

Grippe A/H1N1 : Tests rapides ou pas ?

Le débat agite actuellement les praticiens de terrain et notamment les biologistes : les tests rapides sont-ils utiles dans la prise en charge des patients suspects de grippe A/H1N1 ? En effet, la décision de confier la confirmation virologique aux laboratoires de référence (8 en France) a été prise au cours de l'été dernier par le Ministère de la santé ; elle ne concerne que certaines situations à risque. La surveillance de l'épidémie se fait ainsi sur des groupes sentinelles. Résultat : l'estimation du nombre réel de cas de grippe A devient terriblement difficile avec des chiffres qui varient du simple (5000 cas/semaine, InVS) au quadruple (20000 cas/semaine, GROG) d'après une équipe de microbiologistes marseillais.

Cette même équipe vient de publier sur le Site PLOS Currents Influenza un papier fort intéressant qui vient éclairer le débat. Ils ont testé pendant deux mois près de 1000 prélèvements naso-pharyngés issus pour l'essentiel des services d'urgence adultes et pédiatrie d'abord avec un test rapide (Becton Dickinson) puis par qRT-PCR (technique one-step du CNG Lyon sur SmartCycled/Ceipheid). Le résultat du test rapide est rendu entre 1 et 2h, celui de la qRT-PCR entre 4 et 7 heures après reception des prélèvements. Les résultats ont ensuite contrôlés par une double qRT-PCR (Smartcycled/Ceipheid + Technique SyberGreen de Ninove et al. sur Mx3005p de Stratagene ou LC480 de Roche).


Le papier apporte des données nouvelles :


- Les tets rapides et la qRT-PCR ont été réalisés par un laboratoire d'urgence dédié spécifiquement à la microbiologie qui peut traiter 36 échantillons par 24h,


- Les tests rapides ont montré une sensibilité de 63% et une spécificité de 100% pour le nvH1N1 2009 et la qRT-PCR une sensibilité de 84% et une spécificité de 100%,


- Le nombre global de tests positifs pour la grippe A/H1N1 a été de 6.6% sur un bassin de population qui recouvre 9 départements du Sud-est.


Indépendamment de la discussion des auteurs que je vous laisserai apprécier, il est intéressant de noter que la sensibilité du test rapide utilisé est de 63%. Ce chiffre est dans la fourchette haute compilée par le CDC (entre 40 et 69%) à la différence près que l'étude marseillaise porte sur un nombre nettement plus important de prélèvements. Il est tout aussi intéressant de noter que l'incidence de la grippe A/H1N1 sur l'échantillon français est de 6.6% ce qui laisse donc 93.4% des patients qui consultent aux urgence pour signes respiratoires indemnes de grippe A ! Ils peuvent donc, en théorie, repartir chez eux.


Au final, les microbiologistes marseillais proposent une organisation et des outils qui seraient pertinents à la fois pour prendre en charge les patients sur le terrain mais aussi pour répondre à la problématique épidémiologique. Et donc à la question : un test rapide d'une sensibilité de 63% est-il utile en situation d'épidémie ? je me garderai d'y répondre, laissant celà à d'éminents experts, mais j'ai déja ma propre opinion en tant que praticien...


GdM


PS : pour les puristes de la 15189, vous pouvez déja mettre cet article dans le dossier de validation de la méthode. Merci qui ?

13 commentaires:

Anonyme a dit…

Des nouvelles toutes fraîches des ARS

http://www.lesechos.fr/info/sante/020153624460-26-patrons-pour-les-agences-regionales-de-sante.htm

Anonyme a dit…

Bonjour, je viens de découvrir votre blog en " passant" chez Antoine Flahault.. Merci pour le lien sur Ploss et pour votre texte.
Avez vous lu le résultat recent d'une étude allemande sur le meme sujet : 11% de >O uniquement pour leurs tests rapide, si je ne m'abuse.?
Anne

GdM a dit…

@Anne : bonjour et bienvenue sur Labmutation.
Je n'ai pas lu l'étude en question mais je sais qu'il est difficile de comparer les études entre elles car les conditions ne sont jamais identiques. Une manière de contourner la difficulté est de réaliser une méta-analyse qui regroupe l'ensemble des études. Peut-être est-elle dans les tuyaux ?

Babaorum a dit…

Autre caveat:
la condition de réalisation des tests: mode de prélèvement nasal, le transport et la conservation des échantillons, tout cela est en général très bien dans une étude, mais dans la "vraie vie" de terrain, c'est toujours moins bien, ce qui fait que les caractéristiques des tests, leurs performances, se dégradent et sont moins rutilantes que dans les études.

Babaorum a dit…

Merci pour le PLOS que je n'ai pas vu passer.

Les chiffres sont éloquents: ces tests sont INUTILES pour la pratique et UTILES pour l'épidémiologie.

Si la spécificité est vraiment de 100% , c'est parfait pour l'épidémio. Seuls les résultats positifs comptent

Mais si je suis médecin:
Soit il y a peu de grippes AH1N1pdm comme maintenant (4% des infections respiratoires aiguës, selon les GROG): la probabilité que mon malade ait la grippe est déjà de 4% seulement! Il faut un test?? Je ne voit pas trop l'utilité.

Soit la grippe AH1N1pdm devient très fréquente et là :
• test positif , je traite comme un grippe pandémique
• il est négatif, je ne peux pas le croire, donc je traite et isole comme un grippe pandémique.
• j'explique au malade que le test négatif ne permet pas d'écarter le diagnostic: il peut me demander "alors pourquoi me l'avoir fait? )
• à quoi a servi le test ? On peut se faire accuser de facturer des tests inutiles (éventuellement à la sécurité sociale, et on expose le préleveur pour rien.

D'autant que SPECIFICITE ET SENSIBILITE NE VEULENT RIEN DIRE sans la prévalence de la maladie !

Chacun peut calculer les valeurs qui comptent VALEUR PREDICTIVE NEGATIVE ou positive en se rendant sur le site :
http://spph.ubc.ca/sites/healthcare/files/calc/bayes.html
Et en choisissant:
"I know the pre-test likelihood, sensitivity and specificity"

Et là, on inscrit dans le calculateur les sensibilité et spécificité et la "prévalence" qui est l'équivalence en l'occurrence de la probabilité clinique ou la "pre-test likelihood": vous verrez que le test rapide à sensibilité de 63% a une valeur prédictive négative de 98% : avant de faire le test la probabilité que le malade soit indemne si le test est négatif est de 96%, elle passe à 98% avec un test négatif.

La belle affaire !
Avant le test elle est déjà de 96% parce que 4% des infections respiratoire aiguës seulement sont des grippes AH1N1pdm, selon les GROG.

Pour l'autre, le test à sensibilité de 84%: il a une VPN de 99% (contre 96% sans le test !).

SI LA PREVALEnCE des grippes pandémiques AH1N1 2009 AUGMENTAIT au pic de la pandémie, mettons à 50%, le test le moins performant (Sens 63%) aurait une VPN de 73% : le test ne sert à rien on ne peut pas le croire.

Allez sur le site du calculateur et jouez avec les chiffres, c'est instructif.
http://spph.ubc.ca/sites/healthcare/files/calc/bayes.html

GdM a dit…

@Babaorum :
Merci pour cet éloquent commentaire.
L'article du PLOS a bien entendu donnée les VPN et VPP mais ne les a pas interprété en fonction de la prévalence de la maladie comme vous le proposez.
Si on applique les notions de pre-test/pos-test likelihood, piliers de l'EBM, à tous les tests disponibles (et remboursés) sur le marché, on aurait de grosses surprises.

Babaorum a dit…

@ GdM

Si si je pense qu'ils les ont calculées à partir de la prévalence qu'ils ont observée, soit environ 13%. D'ailleurs cette prévalence a été citée par Raoult à la télévision, donc c'est forcément vrai....

Et en effet sensibilité et spécificité ne sont pas les caractéristiques utiles d'un test. On doit recourir aux VPN et VPP, et quand on ne connait pas la prévalence (souvent), il faut estimer la probabilité clinique. Parfois on a des algoritmes ou scores, parfois seulement le pifomètre à pétrôle.

GdM a dit…

@Babaorum
Lol..je tire ma révérence devant tant d'érudition. SI vous avez le temps, je vous propose de faire ici un texte qui reprend de manière didactique ces notions que beaucoup de biologistes de terrain ne manipulent pas au quotidien. Contactez-moi sur : labmutation@gmail.com

Anonyme a dit…

Bonjour,
Merci pour les infos et les liens

Trés decevant, chez nous ausi, les résultats des kits de test rapide ( deux marques testés). Sur 90 échantillons traités (écouvillonnage nasopharyngés) 21 sont positifs sur RT-PCR et aucun de positif sur test rapide.
C'est simple, jusqu'à maintenant, je n'ai jamais vu de savonette (plaque) positive, éxepté lorsque je teste le contrôle positif inclu dans le kit. :)

Babaorum a dit…

@ gdm
Merci pour le compliment mais érudit à la Achille Talon seulement. Je ne suis qu'un urgentiste qui utilise un peu le raisonnement dit bayésien (rien que de le dire ça vous pose son homme).
Je ne saurais vous faire un papier la dessus qui ne soit du copier-coller modifier.

Ce lien donne un papier fait par un urgentiste ami qui lui sait jacasser sur le sujet:
http://www.urgence-pratique.com/2articles/medic/testbio.pdf tout en restant compréhensible au contraire de ceux qui essaient d'impressionner avec des formules somnigènes.

J'ai trouvé quelques liens:
Revues des laboratoire, que je n'ai pas lu (pas d'accès si pas abonné)
http://shrinkify.com/sls
Et aussi:
http://shrinkify.com/19t0

http://shrinkify.com/19t1

La revue de médecine interne (abonnement)La statistique bayésienne : une approche des statistiques adaptée à la clinique :
http://shrinkify.com/sls

vous avez- là de quoi faire un petit papier ;-)

Anne66 a dit…

bonjour labm, combien de labos en france sont aptes à réaliser les PCR H1N1 pandémique ?
et merci babaorum pour les liens et doc.. :-)
anne

GdM a dit…

@Anne66 :

J'avais vu passe rune liste de laboratoires agréés, il y en avait un ou deux par région, essentiellement des labos de viro de CHU. En fouillant dans les pages internet "officielles" dédiées à la grippe, il devrait être possible de retrouver cette liste.
Quant à Babaorum, l'urgentiste biolophile, je lui réserve une chtite surprise.

Babaorum a dit…

@GdM
Je crois que j'ai deviné. Bon courage !